Kenji Mizoguchi est né le 16 mai 1898 à Tokyo.
Sa famille, malgré l'ambition de son père, devient très pauvre après la crise économique de 1904. Il vit dans le quartier d'Asakusa, alors le plus pauvre de Tôkyô. Le père de Mizoguchi, un ancien charpentier, est violent envers sa mère et sa sœur qu'il vendra comme geisha. Ayant des difficultés à l'école, il devient apprenti peintre sur tissus. Il se passionne alors pour la peinture et obtient un diplôme dans une académie de peinture. Il travaille comme dessinateur publicitaire et dans un journal de Kobe. En 1918, il participe à de violentes émeutes s'inspirant de la révolution russe qui lui font perdre son emploi.

Mizoguchi est le témoin de la vente de sa soeur par son père. Devenue geisha à quatorze ans puis maîtresse officielle d’un noble, elle l'aide financièrement pour ses études. Cet épisode a une grande influence sur l’orientation d’une œuvre qui se compose principalement de drames fondés sur la situation de la femme, femme de haut rang brimée par la société, geisha, servante ou prostituée.

A l'âge de 20 ans, après avoir vécu une vie difficile, il décide de quitter Tokyo pour s'installer à Kobe ou il devient assistant-réalisateur.
En 1922, il réalise son premier film, Le Jour où l'amour revit,  imprégné de ses convictions socialistes et qui est censuré par le gouvernement.
Il a réalisé au total plus de quatre-vingts films, dont la moitié environ aurait disparu.
Beaucoup de ses films muets sont des adaptations de romans, comme le Pont de Nihon (Nihonbashi, 1929) ou la Marche de Tokyo (Tokyo koshin kyoku, 1929).
Il est tenté par le réalisme social et déjà adepte du plan-séquence, mais il a des démêlés avec la censure gouvernementale à propos de son film la Symphonie de la capitale (Tokai kokyogaku, 1929).

En 1936, il réalisa coup sur coup deux des plus grands films de l’époque : l’Élégie d’Osaka et Les Sœurs de Gion. Très bien accueillis par le public et la presse, ces deux films sont condamnés par le régime militaire et Mizoguchi se tourne alors vers des thèmes historiques, approfondissant son style dans Contes des chrysanthèmes tardifs ( 1939). Il arrive en partie à échapper aux pressions politiques destinées à lui faire tourner des films à contenu nationaliste. Mais il est contraint cependant de réaliser pour Shochiku, la plus grande maison de production cinématographique japonaise Le Chant de la caserne, et l'Épée de Bijomaru qui lui permet d'éviter la prison.
Il adapte en 1942, les 47 Ronins, thème souvent traité au Japon.

Kenji Mizoguchi est de ces réalisateurs de la même trempe que Kurosawa ou Ozu, mais qui n'aura malheureusement pas eu la gloire de ceux là. Il aura cependant fortement contribué au développement du cinéma Japonais.
Kenji Mizoguchi décède en 1956.